Architecture Exploration of FPGA Based Accelerators for BioInformatics Applications

این کتاب یک روش ارزیابی برای طراحی پارچه های FPGA آینده با ترکیب بلوک های سخت تعبیه شده (HEB) برای تسریع برنامه ها ارائه می دهد. این روش برای انتخاب بلوک هایی که باید در پارچه تعبیه شوند و برای ارزیابی سود عملکردی که می توان با چنین جاسازی به دست آورد مفید خواهد بود. نویسندگان استفاده از روش‌شناسی خود را با مطالعه تأثیر HEBs بر دو کاربرد مهم بیوانفورماتیک نشان می‌دهند: اتصال پروتئین و مونتاژ ژنوم. این کتاب همچنین توضیح می دهد که چگونه HEB های مربوطه طراحی شده اند و چگونه پیاده سازی سخت افزاری برنامه با استفاده از این HEB ها انجام می شود. این نشان می‌دهد که با استفاده از چنین شتاب‌دهنده‌های مبتنی بر FPGA می‌توان به سرعت‌های قابل توجهی نسبت به پیاده‌سازی نرم‌افزار خالص دست یافت. روش ارائه شده در این کتاب همچنین ممکن است برای طراحی HEB برای تسریع اجرای نرم افزار در حوزه های دیگر به جز بیوانفورماتیک استفاده شود. این کتاب برای دانشجویان، محققین و مهندسان شاغل به طور یکسان مفید خواهد بود.

This book presents an evaluation methodology to design future FPGA fabrics incorporating hard embedded blocks (HEBs) to accelerate applications. This methodology will be useful for selection of blocks to be embedded into the fabric and for evaluating the performance gain that can be achieved by such an embedding. The authors illustrate the use of their methodology by studying the impact of HEBs on two important bioinformatics applications: protein docking and genome assembly. The book also explains how the respective HEBs are designed and how hardware implementation of the application is done using these HEBs. It shows that significant speedups can be achieved over pure software implementations by using such FPGA-based accelerators. The methodology presented in this book may also be used for designing HEBs for accelerating software implementations in other domains besides bioinformatics. This book will prove useful to students, researchers, and practicing engineers alike.